İsveç’teki Karolinska Institutet’teki araştırmacılar, yeni SARS-CoV-2 varyantlarının küresel yayılmasının az maliyetle gözetimi için bir teknoloji geliştirdiler. Teknik, Nature Communications bilimsel dergisinde de yayınlandı.
Pandeminin başlangıcından bu yana, koronavirüsün evrimini ve küresel yayılımını yeniden yapılandırmak için binlerce viral genom incelendi. Bu çalışmalar, özellikle daha bulaşıcı, patojenik veya mevcut aşılara dirençli olan ilgili varyantların tanımlanması için önemli.
SARS-CoV-2 genomunun küresel gözetimi için birçok örneğin uygun maliyetli bir şekilde sıralanması ve analiz edilmesi çok önemli. Bu nedenle, İsveç’teki Karolinska Institutet’teki Bienko-Crosetto laboratuvarında ve İsveç’teki Science for Life Laboratuvarı’nda (SciLifeLab) çalışan araştırmacılar, viral genomun düşük bir maliyetle büyük ölçekte gözetimi için kullanılabilecek COVseq adlı yeni bir yöntem geliştirdiler.
İlk olarak, viral genomun birçok kopyası, multipleks PCR (polimeraz zincir reaksiyonu) kullanılarak üretiliyor. Numuneler daha sonra Bienko-Crosetto laboratuvarında geliştirilen ve SARS-CoV-2 analizi için uyarlanan önceki bir yöntem kullanılarak aynı sıralama kitaplığında etiketleniyor ve bir araya toplanıyor.
Daha önce Karolinska Institutet Tıbbi Biyokimya ve Biyofizik Anabilim Dalı’nda doktora sonrası araştırmacı olarak çalışan ve aynı bölümde aktif olan doktora öğrencileri Michele Simonetti ve Luuk Harbers ile birlikte ilk yazar olan Ning Zhang, “Çok küçük hacimlerde reaksiyonlar gerçekleştirerek ve yüzlerce örneği aynı dizileme kitaplığında bir araya toplayarak, örnek başına 15 dolardan daha düşük bir maliyetle potansiyel olarak haftada binlerce viral genomu dizileyebiliriz” diyor.
29 SARS-CoV-2 pozitif örneğinin karşılaştırmalı analizleri, COVseq’in genomdaki küçük değişiklikleri tanımlamak için standart yöntemle benzer bir yeteneğe sahip olduğunu ortaya çıkardı. 245 ek örneğin analizi, COVseq’in ayrıca, potansiyel endişe uyandıran koronavirüs türevlerini tespit etme konusunda yüksek bir yeteneğe sahip olduğunu gösterdi. COVseq’in mevcut yöntemlere göre en önemli avantajı maliyeti.
Biyokimya ve Biyofizik, Karolinska Institutet ve makalenin son yazarı, Tıp Departmanında kıdemli araştırmacı olan Nicola Crosetto, “Ucuz yöntemimiz halk sağlığı kurumları tarafından SARS-CoV-2 genomik gözetimi için hemen kullanılabilir ve ayrıca grip ve dang virüsleri gibi diğer RNA virüslerine kolayca uyarlanabilir” diyor.
Çalışma, İtalya’nın Torino kentindeki ‘Amedeo di Savoia’ Hastanesi ve Candiolo Kanser Enstitüsü’ndeki araştırmacılarla işbirliği içinde yapıldı. Araştırma, Knut ve Alice Wallenberg Vakfı tarafından finanse edilen SciLifeLab Ulusal COVID-19 Araştırma Programından ve İsveç Stratejik Araştırma Vakfı’ndan ve ayrıca Chiesi Pharma AB ve Tetra Laval Group’tan özel bağışlarla desteklendi. Yazarlar, rekabet eden çıkarlar beyan etmiyor.
